Κύριοι στόχοι της Ε.Π.Β.Ε. είναι η Συνεχιζόμενη Εκπαίδευση των Ελλήνων επιστημόνων σε όλους τους τομείς της Εσωτερικής Παθολογίας, η εκπαίδευση των νέων ιατρών σε θέματα αιχμής και η ευαισθητοποίηση επαγγελματιών υγείας και κοινού σε θέματα πρόληψης σοβαρών παθήσεων (σακχαρώδης διαβήτης, καρδιαγγειακά νοσήματα, καρκίνος, λοιμώξεις κτλ).